在第三世嘉瓦仁波切嘛索南嘉措于1588年突然在蒙古圆寂后，他在蒙古的赞助者、土默特蒙古人决定在他们的族人中寻找转世灵童。格鲁派的高僧们无疑渴望保持第三世嘉瓦仁波切才刚刚建立起来的蒙古人对他们的赞助者关系，因此接受这项安排。
云丹嘉措于1589年出生，是苏密尔的儿子，苏密尔本身是俺答汗的儿子兼继承人商格杜鲁朗康(译音)(Sengge Durureng Khan)的儿子。也就是说，云丹嘉措是俺答汗的曾孙。
虽然这项确认使新成立的格鲁派在蒙古蓬勃发展，但在拉萨，西藏人不那么热诚，云丹嘉措超过十岁才第一次去西藏。相反的，他获得土默特蒙古人的赞助，在过格哈达(译音)(Kokekhota)的义登尼竹寺(译音)(Erdeni-juu temple)进行坐床大典。那座寺院是俺答汗兴建的。
第4世嘉瓦仁波切开始受教育，他以学习的宗教仪轨和密法为重，较少研读传统的经书。
也许因为这样，云丹嘉措变得非常善于制作蒙古人喜爱的萨满教式手工艺品，也喜欢密法传承修持。
直到1600年，蒙古人才派一个代表团去拉萨，要求哲蚌寺当局正式承认云丹嘉措为第四世嘉瓦仁波切，以及安排坐床仪式。
他们带著格鲁派的一批高僧返回蒙古。他们对云丹嘉措进行系列考验，目的是要证明他真正是索马嘉措的转世灵童。他们在1602年把他带回西藏。由于第廿五任甘丹赤巴，也是格鲁派持有者，班觉嘉措年纪太大，无法成行，由第三世嘉瓦仁波切政府的财政大臣古利巴登耶梭(译音)(Gushri Palden Gyatso) 代表成行，并陪同云骨嘉措来到拉萨。
在拉萨，第四世嘉瓦仁波切由新任甘丹赤巴即桑杰仁青替他主持沙弥戒。
1614年，他由上师班禅罗桑卓依耶喜 (译音)(Panchen Lobzang Chokyi Gyaltsen)主持出家戒。
与蒙古人结盟，使格鲁派在西藏拥有可观势力，让他们的力量强大到足以反对正在扩张领土的后藏国王。无论如何，传统上支持噶举派和萨迦派的后藏统治者也和新的格鲁派接触，作为他们的施主，资助在林芝的班禅喇嘛和他们的扎什伦布寺。
不过，在拉萨的格鲁派高僧们一度拒绝为后藏国王主持灌顶，理由是他是格鲁派的敌人；这证明格鲁派和藏传佛教的其他教派之间日益对立。
在第四世嘉瓦仁波切的短暂生命期间，只有一次利用蒙古的重力来保卫格鲁派，反抗后藏统治者，把他们赶出依梭(译音)(Kyisho )和那多(译音)(Nedong)。那是在他在世最后一年的事。
第四世嘉瓦仁波切的骨灰被葬在哲蚌寺的一座灵塔内。
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学生
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资料来源
* Kollmar-Paulenz, Karenina. 2005. "The Third Dalai Lama Sonam Gyatso and The Fourth Dalai Lama Yontan Gyatso." In Brauen, Martin, ed. The Dalai Lamas: A Visual History. London: Serindia, pp. 60-61.
* Tucci, Giuseppe. 1949. Tibetan Painted Scrolls. Rome: La Libreria dello Stato , vol. 1, pp. 50 ff.
* Ngag dbang blo bzang rgya mtsho. 1982. Rje btsun thams cad mkhyen pa bsod nams rgya mtshoi rnam thar dngos grub rgya mtshoi shing rta and jig rten dbang phyug thams cad mkhyen pa yon tan rgya mtsho dpal bzang poi rnam thar thar pa nor bui phreng ba. Dolanji: Tashi Dorjee.
* Miranda Adams September 2008
* http://www.tibetanlineages.org/biographies/view/95/3085/lineage
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